A KATA hátrányai:

• Az iparűzési adót nem váltja ki. A vállalkozónak ezt az adónemet ugyanúgy fizetnie kell, mint a más adózási formát választó vállalkozónak.
• Fokozott adófizetési fegyelem szükséges: adótartozás esetén törlik a KATA adózásból a vállalkozást.
• Adminisztráció: az egyszerű adminisztráció már nem állja meg a helyét, ha alkalmazottat foglalkoztat a vállalkozó. Költségelszámolást nem lehet alkalmazni, azaz a kiadásoknak, nincs bevételcsökkentő hatása. Ráadásul ÁFA alanyiság esetén már kell vezetni tételes költségelszámolást és ÁFA bevallást kell benyújtani.
• Minimális ellátási jogosultság: mind a nyugdíj, mind a gyermek után járó pénzbeli járandóság, mind a munkanélküli ellátás minimális lesz. Ráadásul a gyermek után járó családi adó- és járulékkedvezményt nem lehet érvényesíteni.
• A 12 millió forintos értékhatár túllépése esetén 40%-os adót kell fizetni a 12 millió forint feletti bevételre.
• ÁFA mentesség: nem mindenki számára választható és a 12 millió forintos értékhatárt elérve, már ÁFA kötelessé válik a vállalkozó. Hátrány még, hogy a vállalkozó a vele szemben felszámolt ÁFÁ-t nem igényelheti vissza.
• Évközbeni váltás: évközben váltani KATA adózásra, vagy kilépni belőle sok adminisztrációt von maga után. A számviteli átállás bonyolult, el kell végezni a zárást és bevallást kell készíteni, ami jelentős többletmunka.
• Ellenőrzés: a vállalkozó és a vevője is fokozott ellenőrzésre számíthat, mivel az adóhatóság kiemelt figyelmet fordít a munkaviszonyt ezen vállalkozási formában vállalókra. A törvény szigorú megkötéseket tartalmaz. A hivatal a munkaviszony fennállásának vélelméből indul ki, és a vállalkozónak kell bizonyítania ennek ellenkezőjét. Akinek a bevétele nem egy nagy megrendelőtől származik (pl. fodrász, tanácsadó stb.), annak nem lehet ebből problémája egy ellenőrzés során. Azonban akinek a bevétel jelentős része egy vevőtől származik, ott nagyon alaposan mérlegelni kell, hogy ez-e a megfelelő adózási forma számára.